Medisyn

Χρησιμεύει στην

• αξιολόγηση του βαθμού επικινδυνότητας για ανάπτυξη κληρονομικού καρκίνου μαστού, ωοθηκών και προστάτη.
• αύξηση της πιθανότητας έγκαιρης ανίχνευσης και πρόληψης
• επίτευξη στοχευμένης θεραπείας
• αναγνώριση άλλων οικογενειακών μελών με υψηλό κίνδυνο.

Ολικό αίμα (EDTA) 2.0 mL

Ψύξη

Δεν ανιχνεύθηκε παθογόνος μετάλλαξη στα γονίδια BRCA1 και BRCA2, σύμφωνα με τις διεθνείς βάσεις δεδομένων, τα κριτήρια του Αμερικανικού Κολλεγίου της Ιατρικής Γενετικής και Γονιδιωματικής (ACMG) και με την τρέχουσα επιστημονική βιβλιογραφία. Δεν ανιχνεύθηκαν ελλείψεις και διπλασιασμοί μεγάλου αριθμού βάσεων στα γονίδια BRCA1 και BRCA2.

Παρατηρήσεις

Παρόλο που αυτή η δοκιμή έχει σχεδιαστεί ώστε να καλύπτει όλες τις εξονικές περιοχές και κατά συνέπεια διασφαλίζεται η ανίχνευση των γνωστών ως προς τη βιβλιογραφία μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1 και BRCA2, είναι πιθανό να υπάρχουν μεταλλάξεις που δεν είναι ανιχνεύσιμες με την επιλεγμένη τεχνολογία ελέγχου. Επιπλέον, μπορεί να υπάρχουν άλλα κληρονομoύμενα γονίδια καρκίνου (τόσο γνωστά όσο και άγνωστα) που δεν περιλαμβάνονται σε αυτόν τον έλεγχο. Οποιοδήποτε διαγνωστικό εργαστήριο γενετικής μπορεί να παράγει ψευδώς θετικά ή ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα που μπορεί να οφείλονται σε διάφορους λόγους, συμπεριλαμβανομένων, αλλά χωρίς να περιορίζονται, σε εργαστηριακά σφάλματα που προκύπτουν κατά τη διάρκεια οποιασδήποτε φάσης δοκιμών ή λόγω ασυνήθιστων περιστάσεων (π.χ. πρόσφατη μεταμόσχευση μυελού των οστών ή μετάγγιση αίματος, γενετικός μωσαϊκισμός ή εσφαλμένη αναφορά προσωπικού ή οικογενειακού ιατρικού ιστορικού ή οικογενειακών σχέσεων).

Όσον αφορά τον έλεγχο της αναλυτικής ευαισθησίας και ειδικότητας (NGS) χρησιμοποιήθηκε το SeraseqTM Inherited Cancer DNA Mix v1 της Seracare ως δείγμα αναφοράς, το οποίο είναι σχεδιασμένο να παρακολουθεί την ανίχνευση 8 μεταλλάξεων στο γονίδιο BRCA1 και 3 στο γονίδιο BRCA2. Συγκεκριμένα, η μετάλλαξη c.9342_9343insAluY (4η) στο γονίδιο BRCA2, που συμπεριλαμβάνεται στο συγκεκριμένο δείγμα αναφοράς δεν μπορεί να ανιχνευτεί με την μέθοδο που περιγράφεται, καθώς είναι εκτός της περιοχής-στόχου και ακόμα και αν ανιχνευόταν μέρος της περιοχής Alu, ο αριθμός διαβασμάτων σε αυτόν το γενετικό τόπο θα ήταν ανεπαρκής για να θεωρηθεί η ανίχνευση αξιόπιστη. Σε σπάνιες περιπτώσεις ενδέχεται να μην ανιχνευθεί μια παραλλαγή της αλληλουχίας λόγω πιθανής παρουσίας νουκλεοτιδικής αλλαγής στην περιοχή υβριδισμού των εκκινητών/ιχνηθετών. Η εξέταση θεωρεί ότι το αρχικό υλικό και το DNA του δείγματος ανήκει στον/στην ασθενή, και ότι το αποτέλεσμα είναι συγκεκριμένο μόνο για αυτό το δείγμα.

Η αναλυτική ευαισθησία και ειδικότητα για την ανίχνευση απαλοιφών και ενθέσεων (MLPA) για το γονίδιο BRCA 1 & BRCA 2, χωρίς να συμπεριλαμβάνονται σημειακές μεταλλάξεις είναι πολύ υψηλή.  Η αναλυτική απόδοση μπορεί να επηρεαστεί αρνητικά από την παρουσία SNV’s, χαμηλής ποιότητας δείγματος DNA, ημιτελή αποδιάταξη του DNA, την χρήση ανεπαρκούς, ή υπερβολικής ποσότητας δείγματος καθώς και η χρήση ακατάλληλων δειγμάτων αναφοράς.

Μεταβολές στην αλληλουχία της στοχευμένης περιοχής, ενδέχεται να οδηγήσουν σε ψευδώς θετικό αποτέλεσμα για έναν ανιχνευτή. Ατελής αποδιάταξη DNA (λόγω επιμόλυνσης με άλατα),  μπορεί να προκαλέσει μειωμένο σήμα από έναν ανιχνευτή, ειδικά αν η αλληλουχία στόχος είναι πλούσια σε GC. Εάν μία ή περισσότερες κορυφές τους διαγράμματος είναι εκτός κλίμακας μπορούν να οδηγήσουν σε ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα, κίνδυνος ο οποίος αυξάνεται στα μείγματα ανιχνευτών που χρησιμοποιούν μικρό αριθμό ανιχνευτών.

Εάν εντοπιστούν παραλλαγές στον αριθμό των αντιγράφων από δύο ή περισσότερους συνεχόμενους ανιχνευτές, πρέπει τα αποτελέσματα να επιβεβαιωθούν και με άλλη, ανεξάρτητη μέθοδο, ή με το SALSA MLPA Probemix P087 BRCA1 Confirmation και το SALSA MLPA Probemix P077 BRCA1 Confirmation.

Προτερήματα μεθόδου

Mαζική παράλληλη αλληλούχιση (massive parallel sequencing) της  κωδικοποιούσας περιοχής των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 με χημεία αλληλούχισης επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing) της εταιρείας AGILENT χρησιμοποιώντας το αναλυτή DNBSeq – G400 του οίκου MGI. Όλα τα εξόνια καθώς και 20 ζεύγη βάσεων εκατέρωθεν κάθε εξονίου έχουν αναλυθεί. Σημειακές μεταλλάξεις, μικρο-εισαγωγές, απαλοιφές και διπλασιασμοί (<20bp) σε επίπεδο εξονίου μπορούν να ανιχνευθούν ταυτόχρονα. Ορισμένες παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNV) όπως μεγάλο θραύσμα ετερόζυγου γονιδίου, ειδικές μεταλλάξεις όπως δυναμική μετάλλαξη, σύνθετος ανασυνδυασμός, δομικές παραλλαγές (π.χ.: απαλοιφή μεγάλου θραύσματος, αναδιάταξη διπλασιασμού και αναστροφής), ετερόζυγη εισαγωγή μεγάλου θραύσματος (π.χ.: επαγόμενη από Alu εισαγωγή) καθώς και μεταλλάξεις στη γονιδιακή ρυθμιστική περιοχή και στην εν τω βάθει ιντρονική περιοχή δεν μπορούν να ανιχνευθούν με αυτή τη εξέταση. Η ανίχνευση παθογόνων/πιθανώς παθογόνων μεταλλάξεων επιβεβαιώνεται με αλληλούχιση κατά SANGER χρησιμοποιώντας τον αναλυτή SeqStudio Genetic Analyzer.

Πραγματοποιείται  ανίχνευση CNVs όλων των εξονίων των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 χρησιμοποιώντας το kit MLPA από την εταιρεία MRC-Holland και τον αναλυτή SeqStudio Genetic Analyzer. Ωστόσο, σημειακές μεταλλάξεις δεν μπορούν να ανιχνευθούν με αυτή την μέθοδο.

Επίσης, σημειακές μεταλλάξεις στην περιοχή ανίχνευσης, μπορεί να επηρεάσουν τον υβριδισμό του ανιχνευτή και το σήμα του ανιχνευτή μπορεί να γίνει αδύναμο.